荧光显微镜是以紫外线为光源照射被检物体使之发出荧光，然后在显微镜下观察物体的形状及其所在位置，利用一个高发光效率的点光源，经过滤色系统发出一定波长的光如紫外光3650λ、紫蓝光4200λ，作为激发光激发标本内的荧光物质发射出各种不同颜色的荧光后，再通过物镜和目镜的放大进行观察。
　　多用于研究细胞内物质的吸收、运输、化学物质的分布及定位等。细胞中有些物质，如叶绿素等，受紫外线照射后可发荧光。另有一些物质本身虽不能发荧光，但如果用荧光染料或荧光抗体染色后，经紫外线照射亦可发荧光，荧光显微镜就是对这类物质进行定性和定量研究的工具之一。
　　这样即使荧光很微弱也易辨认，敏感性高，主要用于细胞结构和功能及化学成分研究。
　　荧光显微镜的基本构造是由普通光学显微镜加上一些附件如荧光光源、激发滤光片等的基础上组成的。荧光光源一般采用超高压汞灯，仅使一定波长的激发光透过照射到标本上，而将其他光都吸收掉。每种物质被激发光照射后，在极短时间内发射出较照射波长更长的可见荧光。
　　荧光具有专一性，一般都比激发光弱，为了能观察到专一的荧光，需在物镜后面加压制滤光片。它的作用有两点，一是吸收和阻挡激发光进入目镜以免于扰荧光和损伤眼睛；二是选择并让特异的荧光透过，表现出专一的荧光色彩。
　　荧光显微镜种类
　　1.透射式荧光显微镜
　　激发光源是通过聚光镜穿过标本材料激发荧光，常用暗视野集光路，调节反光镜使激发光透射到标本上，优点是低倍镜时荧光强。
　　2.落射式荧光显微镜
　　激发光源从物镜向下落射到标本表面，换用不同的激发滤光片/双色束分离器，阻断滤光片的组合插块，可满足不同荧光反应产物的需要，优点是视野照明均匀，成像清晰，放大倍数愈大荧光愈强。
　　荧光显微镜使用方法
　　1.打开灯源，预热超高压汞灯，几分钟后达到最亮点。
　　2.透射式荧光显微镜需在灯源与聚光器之间装上所要求的激发滤光片，在物镜的后面装上相应的阻断滤光片。落射式荧光显微镜需在光路的插槽中插入所要求的激发滤光片/双色束分离器/阻断滤光片的插块。
　　3.用低倍镜观察，根据不同型号荧光显微镜的调节装置，调整光源中心，使其位于整个照明光斑的中央。
　　4.未装滤光片时不要用眼直接观察以免引起眼的损伤，应放置标本片，调焦后再进行观察。